琵琶湖博物館では、当館のテーマ「湖と人間」を軸に常設展示に関連する本や雑誌・論文をはじめ、滋賀県に関する本、全国の博物館から送られてくる図録・研究報告、滋賀の民俗学者橋本鉄男氏のコレクションなど当館ゆかりの研究者の資料を多く収蔵しています。図書・雑誌あわせて10万点をこえる資料を書庫に収蔵しています。